Rennes fue el escenario del segundo consejo de guerra contra Alfred Dreyfus, celebrado en el 30 de junio de 1899, que nuevamente le encontró culpable, aunque atenuó la pena a 10 años de cárcel. A medida que aparecían nuevas pruebas, los partidarios de Dreyfus cobraron fuerza. Especialmente cuando el escritor Émile Zola, el líder socialista Jean Jaurès y el radical Georges Clemenceau encabezaron la causa de los dreyfusards a partir de la publicación, el 13 de enero de 1898, en el periódico L’Aurore de una carta abierta de Zola al presidente de la República, Félix Faure, titulada J'accuse («Yo acuso»), en la que acusaba al tribunal que juzgó al traidor Esterhazy de haberle declarado inocente a sabiendas de que era culpable.A raíz de estos descubrimientos y de la campaña a favor del reo, el presidente de la República, Loubet, concedió el indulto a Dreyfus el 19 de septiembre de 1899, aunque sin reconocer su inocencia. Dreyfus siguió luchando por demostrarla hasta conseguirlo finalmente el 12 de julio de 1906, cuando la Corte de Casación anuló definitivamente el juicio. Fue reintegrado al Ejército con todos sus honores, y se le concedió tanto la Legión de Honor como un mando de artillería en Vincennes.
